Lasse de toutes ces péripéties, après avoir célébré en 1850 son premier centenaire, elle décide de prendre, à partir de 1852, le nom définitif d’Académie de Stanislas. Mais à l’époque du Second Empire, les rapports de l’Académie avec les pouvoirs publics deviennent plus tendus : lorsqu’en 1866 l’Académie de Stanislas, bastion des revendications régionalistes, veut célébrer le centenaire du rattachement de la Lorraine à la France, elle fait appel à des membres de l’Académie Française qui sont considérés par le pouvoir impérial comme des opposants orléanistes et elle se heurte à un veto absolu du préfet ; cette crise sans précédent entraîne la démission du président de l’Académie. Il s’agit dans l’histoire de l’Académie d’un fait exceptionnel : ses statuts lui interdisent de prendre des positions à caractère politique et elle entretient traditionnellement avec les pouvoirs publics des relations de collaboration courtoise.