Cette indépendance de pensée n’a cessé de croître au cours du XIX^e siècle.
Sous la Restauration et la Monarchie de Juillet, l’Académie travaille encore en contact étroit avec les préfets, qui lui demandent fréquemment des avis sur toutes sortes de questions à caractère scientifique, culturel ou social.
Mais à chaque changement de régime politique, elle doit modifier son nom officiel : Société impériale sous l’Empire, Société royale sous la Restauration et la Monarchie de Juillet, Société des Sciences, Lettres et Arts (sans adjectif) sous la Seconde République.